Klubben grundades först 1963, men förlagorna till klubben sträcker sig fyrtio år längre bak i tiden. FSV Sturm Marga grundades 1925 av arbetare från områdets kolgruva, men bannlystes 1933 av nazisterna. När klubben efter andra världskriget återförenades under annat namn hade de det tufft även i DDR.
DDR skickade under långa perioder Cottbus främsta spelare systematiskt till Berlin i sina försök att bygga upp ett imponerande huvudstadslag, och framgångarna uteblev.
När så Tyskland återförenades i slutet av 1990 kunde klättringen ostört börja. 2000 gjorde de sin första säsong i Bundesliga, men trots att just nu gör de sin sjätte säsong under 2000-talet har de inte gjort sig riktigt hemma än.
